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ChemDrawPrime16化学结构绘制工具可以预测化合物属性、光谱数据、IUPAC命名以及计算反应计量，比如读取JCamp和星系光谱，拥有分裂工具来节省研究时间的同时提高数据准确性，并且还可以为结构增加热点进行链接，特别是能够看到立体结构的动态演示。能够读写所有的常见的ChemDraw格式文件以及图片文件，能够为CDX、CDXML、molfile、SMILES、InChI、InChIKey格式文件设置特别的Copy/Pasteas命令，其中InChIKey只有Copy功能，内置ChemDraw对象的OLE编辑功能，支持ChemDrawActiveX插件。

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这套功能强大的化学绘图工具可以处理子结构查询类型（例如可变附着点、R基团、环/链大小、原子/键/环类型和通用原子），无论化合物在商用、公共或内部数据库中以何种方式进行存储，均可实现快速检索。